Після зруйнування Томаківської Січі нова Січ на острові Базавлук, що лежав у Чортомлицькому рукаві Дніпра. Будівництво йшло дуже швидкими темпами, бо козаки вже мали досвід будівництва січей.
    Січ на Базавлуці стала справжньою військовою базою, де готувались морські та сухопутні походи, а козацтво могутньою організацією з власним флотом та артилерією. Вже протягом другої половини 16 століття козаки здійснили десятки експедицій до Очакова, Кілії, Акермана, Гезлева, інших турецьких твердинь на Північному Причорномор'ї. Морські походи козаків здійснювалися під керівництвом Петра Сагайдачного та Михайла Дорошенко. Згодом козацькі чайки досягли навіть берегів Анатолійського півострова, зокрема фортець Сінопа і Трапезунда.
    В Базавлуцькій Січі з кінця 16 століття по 30-ті роки 17-го століття формувалися загони, що ставали ядром козацьких повстань під проводом Северина Наливайко, Марка Жмайла, Тараса Федоровича, Івана Сулими та інших. Після розгрому козацько-селянських повстань 1637—1638 років Базавлуцька Січ була зруйнована. Поляки перенесли її на Микитин Ріг, встановивши там свою військову залогу.