Після зруйнування Базавлуцької Січі Запорожжя опинилося під жорстким контролем властей, але через потребу оборони південного прикордоння усе ж було збережено козацьку залогу. Місцем її розташування став легкодоступний з боку степу так званий Микитинський Ріг, де здавна існував перевіз через Дніпро.
    Ця січ проіснувала з 1639 по 1652 рік. Вона стала початковим вогнищем Визвольної війни 1648-1657 років.Наприкінці 1647р., схиливши на свою сторону Черкаський реєстровий полк, що перебував на Січі як залога польських властей, на Микитинську Січ прибув Б.Хмельницький. Згодом на козацькій раді його було обрано гетьманом. Здобуття прибічниками Б.Хмельницького Микитинської Січі ознаменувало початок Національно-визвольної війни українського народу середини 17ст..Звідси він розсилає свої універсали з закликами до повстання та відправляє посольство в Крим для створення військового союзу.
    Але підтримка Січчю Богдана Хмельницького в ході Визвольної війни не була постійною. Коли за Зборівським договором 1649р. до реєстру ввійшло лише 40 тис., частина козаків була незадоволена, головним чином так звана ''голота''. Остання в лютому 1650р. обрала гетьманом Війська Запорозького на Микитинській Січі козака Я. Худолія. Хмельницький послав на Січ каральну експедицію. Худолія було заарештовано, доставлено в Чигирин і страчено. Щоб запобігти таким виступам у майбутньому Б.Хмельницький узяв Січ під повний контроль, розмістивши там реєстрову залогу і звівши її функції до ролі прикордонного форпосту.
    Весною 1652 року Січ була перенесена в напрямі дніпрових плавнів поблизу гирла річки Чортомлик. Це сталося з-за невдалого розташування Січі, яка постраждала під час повенів.